目的：基于DNA条形码技术建立肉苁蓉样品的高分辨率熔解曲线（HRM）鉴定方法。方法：通过聚合酶链式反应（PCR）对肉苁蓉的ITS和ITS2序列进行扩增；利用MEGA 6.06软件通过建树法进行NJ树聚类分析；通过ITS2序列利用Primer Premier 5软件进行引物设计；对经设计、合成的8对引物通过HRM实验进行筛选；建立肉苁蓉的HRM鉴定方法。结果：通过ITS和ITS2序列的NJ树聚类分析可以有效区分3种肉苁蓉（肉苁蓉、管花肉苁蓉及采自乌兹别克斯坦的肉苁蓉相近种），且肉苁蓉和管花肉苁蓉各自的栽培品与野生品不存在明显差异；经过Primer Premier 5软件进行引物设计共选出8对引物进行合成；通过HRM预实验筛选出引物Ysr-2为最佳实验引物；确立了有效鉴定3种肉苁蓉样品的HRM方法。结论：通过DNA条形码和HRM技术均能有效鉴定3种肉苁蓉样品，且结果一致，起到互相验证的作用，为肉苁蓉及其他中药民族药品种的快速鉴定提供了可以参考的依据。