目的：改进中国药典2015年版中川贝母聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）的鉴定方法，以防止真菌污染对结果的影响。方法：采用中国药典2015年版中PCR-RFLP方法对川贝母样品进行检测，对PCR产物电泳中出现的杂带进行了序列分析，确认来源于真菌的扩增产物。重新设计PCR-RFLP中的扩增引物，将下游引物设计在贝母与真菌序列差异较大的ITS2区域。对改进后的PCRRFLP方法进行了验证。结果：用含新引物的PCR-RFLP鉴定时PCR产物未出现杂带，改进方法鉴定的准确性优于中国药典2015年版中给出的方法。结论：改进的PCR-RFLP方法可以对川贝母进行鉴定，同时防止了真菌污染产生的杂带对结果判断的影响。