目的：通过对市面大量流通的非中国药典收载紫草基原的所谓紫草进行分析，建立紫草正品与非中国药典品的鉴别方法。方法：通过聚合酶链式反应（PCR）对紫草的ITS2序列进行扩增，通过与GenBank数据库进行Blast比对，确定非中国药典品的科属；利用距离法和建树法比较非中国药典品与软紫草属、滇紫草属、紫草属的亲缘关系；利用限制性内切酶AluⅠ酶切PCR产物，将酶切产物经琼脂糖凝胶电泳检测后紫外成像。结果：非中国药典品经Blast比对为软紫草属；非中国药典品与软紫草属新疆紫草平均遗传距离为0.071，均小于与紫草属和滇紫草属的平均遗传距离，通过建立Neighbor-Joining（N-J）树聚类分析，非中国药典品与软紫草属新疆紫草和黄花软紫草明显区分，并与滇紫草属和紫草属均具有良好的单系性。正品紫草能被限制性内切酶AluⅠ酶切为两条条带，非中国药典品不能被酶切。结论：市场流通大量紫草非中国药典收载的新疆紫草（Arnebia euchroma（Royle）Johnst.）和内蒙紫草（Arnebia guttata Bunge），利用聚合酶链式反应限制性长度片段多态性法可鉴别紫草正品与非中国药典品。