目的：建立细菌16S核糖体RNA基因片段分析的规范化方法，探讨其在药品葡萄球菌污染控制中的应用。方法：对Genbank数据库中用于常见细菌污染物鉴定的核酸序列进行筛选、定位和分区比较分析，建立具有鉴定和分类意义的标准核酸序列片段；以葡萄球菌为例进行菌株的核酸测序鉴定，分析菌株间的聚类关系和核酸序列的多样性。结果：16S rRNA基因中的V1~V3可变区具有显著的鉴定和分类意义，可实现葡萄球菌属20个“种”水平的鉴定。结论：本文对16S rRNA基因核酸测序鉴定规范化方法及在制药行业中葡萄球菌污染控制的应用进行探讨，为细菌核酸测序鉴定标准化和标准核酸序列数据库建设提供研究思路和参考依据。