目的：利用DNA分子鉴别技术，从分子水平快速、准确鉴别玛咖药材及其同科混伪品植物；采用石墨炉原子吸收分光光度法（GFASS）和火焰原子吸收分光光度法（FASS）测定不同产地玛咖中镉（¹¹²Cd）、铜（⁶³Cu）、铅（²⁰⁷Pb）、铬（⁵²Cr）4种有害重金属元素以及钙（⁴⁰Ca）、镁（²⁴Mg）、钠（²³Na）、钾（³⁹K）、铁（⁵⁶Fe）5种元素的含量，并进行安全性评价。方法：利用DNA试剂盒提取玛咖及其混伪品（萝卜、芫根）样本共9个，PCR扩增其提出的DNA并进行双向测序，应用CodonCode Aligner V 6.0.2软件对峰图进行校对拼接，比较其内转录间隔区2（ITS2）的GC含量，结合在GenBank上下载的7条序列，采用MEGA 6.0软件计算种内、种间Kimura 2-parameter（K2P）遗传距离，最后构建邻接树（NJ tree）进行系统聚类分析。采用微波消解进行前处理，使用石墨原则吸收法和火焰原子吸收法分别对不同产地玛咖中的9种元素进行测定，对比《药用植物及制剂进出口绿色行业标准》，对玛咖的安全性进行评价。结果：玛咖的ITS2序列长度为190bp，其中GC含量为54.7%，同时其二级结构明显与其混伪品存在差异，可以根据NJ tree将其与其他混伪品区分开来。微量元素标准曲线线性相关度均大于0.999 0，Cd、Cu、Pb、Cr、Ca、Mg、Na、K、Fe元素的回收率分别为93.2%、96.7%、95.4%、102.7%、94.3%、95.7%、105.9%、96.4%、98.1%。参照《药用植物及制剂进出口绿色行业标准》中的重金属元素限量标准，部分产地玛咖中的Cd元素含量超标，并且不同产地玛咖中各个元素的含量有一定的差异。结论： ITS2可以作为DAN条形码对玛咖与其混伪品进行准确、快速的鉴别，为玛咖的鉴定提供准确的分子依据。GFASS法快速、准确，灵敏度高，无背景影响，成本低廉，可较好地用于中药材中重金属残留量的测定，并且通过对玛咖中元素的研究，对确保其质量和安全性有着重要的意义。