代谢组学研究整体代谢轮廓的特点与中医药的整体观念相吻合，代谢组学技术已广泛应用于中药治疗心脑血管疾病、肝肾损伤及抗炎抗病毒的活性评价和生物化学作用机制的研究。本文对基于血清代谢组学的中药治疗心脑血管疾病、肝肾损伤及其抗炎抗病毒的研究进展进行综述。氨基酸、脂肪酸、磷脂、糖类等代谢产物是上述疾病的主要生物标示物，氨基酸代谢、脂肪酸代谢、磷脂代谢、三羧酸循环、能量代谢等是参与这些疾病的主要生物代谢途径。中药对这些异常的代谢有一定的改善作用。代谢组学的研究鉴定了中药治疗这些疾病的生物标示物，并阐明了其生物化学作用机制。