目的:对近交系小鼠C57BL/6和C57BL/10进行转录组测序,对比其转录组差异,发现免疫反应相关差异基因,为药物体内活性评价动物选择提供参考。方法:采用Illumina Hiseq 2000测序平台进行测序,通过短序列分析获取转录本,通过基因功能分类(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库进行测序结果分析。结果:获得38553614个C57BL/6小鼠的原始序列和37721318个C57BL/10小鼠的原始序列。获得118002个转录本,注释了46193个差异基因。38106个转录本注释到2196个GO分类中,GO分类主要分为3类:细胞成分,分子功能和生物过程。1600个转录本注释到254个KEGG通路中。另外,发现了4651个单核苷酸(SNP)位点。结论:通过二代测序方法发现近交系小鼠C57BL/6和C57BL/10转录组存在显著差异基因。在KEGG通路分析中筛选了一系列与小鼠免疫应答相关的差异基因,为建立小鼠免疫评价模型积累了数据,对药物实验动物体内活性检测分析具有参考意义,为生物制品评价用实验动物的标准化提供技术支撑。