目的：建立UPLC-MS/MS同时测定大鼠组织中小檗碱、巴马汀和药根碱3个生物碱成分的分析方法，并应用于这3个成分在大鼠体内的组织分布研究。方法：采用BEH C₁₈色谱柱（2.1 mm×50 mm，1.7μm），以乙腈-0.1%甲酸水溶液（20：80）为流动相，流速0.3 mL·min^-1，正离子多离子反应监测（MRM）检测。组织样品匀浆后乙腈沉淀蛋白供测定。结果：在线性范围内3个成分的线性关系良好，准确度、日内和日间精密度、稳定性、提取回收率均符合生物样品的分析要求。3个生物碱成分在大鼠体内分布广泛，胃、小肠和肝组织中浓度较高，在心脏中的分布浓度最低。结论：本文方法可用于黄连提取物在大鼠体内的组织分布研究。