目的：对药品中分离的疑似洋葱伯克霍尔德菌复合体（BCC）进行准确鉴别及溯源分析。方法：通过核糖体自动分型对不同来源分离菌株进行核糖体型分类，选取各型代表菌株（8株）进行生化实验、16SrRNA及recA基因序列测定和同源性分析，确定其在菌种水平的分类地位。结果：核糖体自动分型可针对实验中分离的菌株进行核糖体型的聚类区分；对3类核糖体型的代表菌株进行的生化鉴定、16S rRNA序列分析将其定位至洋葱伯克霍尔德菌复合体；recA基因序列的同源性分析对待测菌株进行种水平鉴别，印证核糖体分型结果并将待测菌株鉴定为洋葱伯克霍尔德菌、新洋葱伯克霍尔德菌及稳定伯克霍尔德菌。结论：recA序列同源性分析可对样品中分离的洋葱伯克霍尔德菌复合体（BCC）在种水平上进行有效鉴别，核糖体分型可对不同来源BCC进行溯源，确定污染来源。