目的：比较分析不同氨基酸序列人乳头瘤病毒（HPV）18型L1抗原的肽图，收集差异特征峰肽段，利用质谱方法对其进行鉴别。方法：将HPV18型L1抗原用胰蛋白酶水解，酶解所得的肽段通过RP-HPLC法分离肽段，得到HPV18型L1抗原肽图；用Megalign软件比较不同来源的L1抗原的氨基酸序列差异，分析不同HPV18型L1抗原的肽图特征峰，收集差异特征峰；HPLC色谱条件：采用C₁₈（4.6 mm×250 mm，5 μm）色谱柱，以0.1%三氟乙酸-水为流动相A，0.1%三氟乙酸-乙腈为流动相B，梯度洗脱（0~10 min，100% A；10~80 min，100% A→30% A；80~91 min，30% A→100% A），流速1.0 mL·min^-1，柱温30℃，检测波长214 nm，进样量100 μL。再运用UPLC-MS/MS技术，采用电喷雾离子源（ESI），正离子全扫描检测模式，喷雾电压2 kV，毛细管温度300℃，对差异特征峰进行鉴别。结果：5个公司生产的L1抗原平行6次重复检测，各共有峰保留时间的RSD最大值范围为0.24%~0.49%，表明肽图分析方法重复性良好。对5个公司的3批次抗原进行检测，主要峰保留时间的最大RSD范围为0.20%~0.74%，表明批间一致性良好。比较发现5个不同公司生产的HPV疫苗18型L1抗原的液相肽图有6个差异特征峰（1~6号），分别对其进行质谱鉴定，结合氨基酸序列的比对分析，发现5个特征峰由氨基酸差异引起：487~496位氨基酸的缺失将导致1号特征峰的缺失；88位氨基酸N和T的相互转变导致2、3号特征峰相互转变；494位氨基酸S和A的相互转变导致1、4号特征峰相互转变；5号特征峰为4号特征峰胰蛋白酶酶切不完全出现的；6号峰为非特异峰。表明不同公司生产的HPV18型L1抗原具有各自的特征峰。结论：本研究建立的HPLC-MS/MS肽图特征峰分析方法，可应用于不同企业生产的18型的HPV L1抗原的鉴别和质量控制，进一步表明了肽图在疫苗原液质量控制中的重要意义。