目的：利用全基因组测序方法比较近交系小鼠C57BL/10和C57BL/6的基因组差异，并筛选免疫应答差异基因，对建立药物体内活性评价动物模型具有重要参考意义。方法：采用Illumina Hiseq 2500测序平台对近交系小鼠C57BL/10进行全基因组测序，与近交系小鼠C57BL/6参考全基因组进行比对。将变异检测得到的SNP位点，去掉同义突变之后，利用NCBI中BioMart进行功能注释。提取出免疫相关的转录本ID、基因ID和功能注释的信息，并与近交系小鼠C57BL/6参考全基因组进行比对。结果：获得C57BL/10小鼠原始数据量80.871G，过滤后的有效数据量79.322G，通过与C57BL/6小鼠参考基因组比对和基因功能分类，筛选出4个免疫应答差异基因。结论：本研究发现近交系小鼠C57BL/10和C57BL/6基因组的免疫应答基因存在显著差异。在分析中筛选出4个小鼠免疫应答差异基因，为建立生物制品体内评价实验动物模型和标准化提供了新的线索和技术手段。