目的：开展细菌DNA特征序列鉴定法在药品质量控制中常见种属的鉴定水平研究，为药品全生命周期质量控制中的菌株鉴定与污染风险识别提供方法依据。方法：针对性地选择芽孢杆菌、库克氏菌、微球菌、柠檬酸杆菌、肠杆菌、肠球菌、假单胞菌、不动杆菌、鞘氨醇单胞菌和罗尔斯通氏菌共10个常见属中41个种72株的典型菌株，依据细菌DNA特征序列鉴定法，建立菌株鉴定的DNA特征序列，分析属内种间的菌株聚类关系，评价菌株DNA特征序列的鉴定水平。结果：10个属41个种典型菌株的DNA特征序列均具有特异性。结论：细菌DNA特征序列可满足"种"水平的鉴定，为药品质量控制中常见细菌的鉴定、分类与溯源提供研究思路和方法依据。