目的：评价rRNA基因的内转录间隔区（internal transcribed spacer，ITS）和大亚基单元（large subunit，LSU）序列对药品质量控制中常见产毒真菌的鉴定作用。方法：以形态分类方法对8个产毒真菌属的菌株进行初步鉴定；然后从试验菌株中提取基因组DNA，对ITS和LSU序列进行PCR扩增和序列测定，通过序列聚类关系分析，进一步评价不同序列对产毒真菌的分子鉴定能力。结果：分别采用ITS、LSU rRNA基因序列分析方法对产毒真菌的鉴定至少可达到"属"水平，采用ITS和LSU rRNA基因的串联序列可以将青霉属和曲霉属中的试验菌株鉴定至"种"水平。结论：ITS和LSU rRNA序列系统发育分析可作为产毒真菌的鉴定方法。