目的：建立某无菌药品生产企业过程污染微生物菌株库，为无菌药品生产过程污染微生物有效控制和溯源调查提供指导。方法：对原辅料、包装材料、生产人员、生产环境、制药用水和检验实验室等环节建立污染微生物监控方案，采用基于16S rRNA序列比对等方法鉴定污染微生物，结合微生物种属和来源信息进行分析，建立覆盖药品生产过程的污染微生物菌株库。结果：共分离鉴定292株微生物，其中生产环境污染率最高，占全部污染微生物来源的72.6%；其次是生产用水（13.4%）、原辅料（10.3%）、生产人员（3.77%）。值得关注的是，A级洁净生产区检测到30株微生物。污染微生物主要分布于44个属、95个种，表明药品生产过程污染微生物种类复杂。其中葡萄球菌污染率最高，占全部污染微生物的40.25%，其次是微球菌（11.20%）、芽孢杆菌（8.30%）和不动杆菌（5.81%）。此外，经分析发现，部分污染微生物分布具有空间特异性，如芽孢杆菌主要存在于原辅料活性炭中，而不动杆菌则主要存在于注射用水中。结论：无菌药品生产过程中多个环节都存在微生物污染，且污染微生物种类复杂，建立覆盖整个生产过程的微生物监控和污染微生物数据库，对药品微生物质量控制和溯源调查分析具有非常重要的作用。