目的：建立不同生长阶段贯叶金丝桃HPLC指纹图谱，并结合相似度计算和化学模式识别技术对其进行质量评价。方法：采用Waters Sunfire ODS（250 mm×4.6 mm，5 μm）色谱柱；乙腈-0.05%磷酸水溶液为流动相，梯度洗脱，流速1.0 mL·min^-1，检测波长254 nm，建立18批贯叶金丝桃的指纹图谱。采用相似度分析、主成分分析（PCA）及偏最小二乘法-判别分析（PLS-DA）对其总体质量进行分析评价。结果：建立了贯叶金丝桃指纹图谱且共标定16个共有峰，经过与对照品比对，指认并鉴定出其中的6个色谱峰。18批样品的相似度为0.712~0.933，PCA分析出不同生长阶段的贯叶金丝桃药材的最佳采收阶段为盛开期；PLS-DA可将不同生长阶段的样品显著分类，并筛选出导致不同生长阶段质量差异的6个差异标志物。结论：该研究建立的指纹图谱分析方法科学、准确，结合PCA和PLS-DA化学模式识别技术，可系统、全面地评价贯叶金丝桃的质量。