目的： 基于DNA条形码技术鉴定制草乌疑似伪品的基原。方法： 通过聚合酶链式反应（PCR）对建库样品及制草乌药材的ITS2序列进行扩增；对建库样品进行N-J聚类和变异位点分析，通过与GenBank数据库进行Blast比对，以及通过与建库样品进行比对推断制草乌药材疑似伪品的基原。结果： 制草乌药材疑似伪品经Blast比对，结果显示能比对到多个种，且一致率均达到100%；建库样品ITS2序列进行N-J聚类和变异位点分析，结果均显示乌头与北乌头不能区分，其余建库样品均可区分；通过将5.8S与28S区间位点准确的56条制草乌药材疑似伪品的ITS2序列与建库样品的ITS2序列进行变异位点分析，其中2条序列与康定乌头完全一致，18条序列与准噶尔乌头完全一致，6条序列与甘青乌头完全一致，剩余30条序列与乌头、北乌头序列一致。结论： 鉴定结果显示，市场制草乌药材存在掺伪及全伪现象，混伪品有康定乌头、甘青乌头、准噶尔乌头，其中准噶尔乌头为主要混伪品，此研究为DNA条形码技术鉴别制草乌正伪品开辟了一条新途径。