代谢组学技术是近10年来国际上提出和发展的新型组学技术，是系统生物学的重要组成部分。其中，非靶标代谢组学是研究最早且应用最广的方法。然而，由于代谢物种类多，理化性质差异大，加之样本对环境变化较敏感，导致了样本从收集、处理到储存过程的波动都会对代谢轮廓的分析产生一定影响。此外，代谢组学研究还涉及分析科学以及化学计量学等专业知识的应用。如何应用现代高通量分析技术（核磁共振和质谱）高精度快速对大量样本进行分析，对海量的原始数据进行预处理及挖掘，对差异代谢物准确定性和定量分析，是非靶标代谢组学研究现存的难点和热点。本文综述分析了近年来非靶标代谢组学研究过程中的一些影响因素及应对策略。