目的：从分子生物学的角度比较分析冬虫夏草人工繁育品和野生冬虫夏草的核糖体DNA内部转录间隔区（ITS）和细胞色素C氧化酶亚基1（CO Ⅰ）条形码序列，并验证冬虫夏草人工繁育品与野生冬虫夏草虫和菌的来源是否符合《中华人民共和国药典》规定。方法：通过聚合酶链式反应（PCR）对冬虫夏草人工繁育品和野生冬虫夏草的ITS和CO Ⅰ序列进行扩增，利用邻接法比较冬虫夏草人工繁育品与野生冬虫夏草的亲缘关系；通过与GenBank数据库进行Blast比对，确定冬虫夏草虫与菌的科属。结果：冬虫夏草人工繁育品与野生冬虫夏草ITS和CO Ⅰ序列的电泳结果均显示为明亮单一条带，且条带大小介于500 bp和750 bp之间；CO Ⅰ序列的系统树结果中冬虫夏草人工繁育品和野生冬虫夏草除野生冬虫夏草-18、野生冬虫夏草-20这2个样品均各自聚为一支，且支持率为99%，呈现良好的单系性，ITS序列的系统树结果中冬虫夏草人工繁育品和野生冬虫夏草混聚在一起，没有明确的分支；冬虫夏草人工繁育品的CO Ⅰ序列经GenBank数据库比对结果均为小金蝠蛾（Hepialus xiaojinensis），为蝙蝠蛾科Hepialidae sp.昆虫，野生冬虫夏草的CO Ⅰ序列经GenBank数据库比对结果均为蝙蝠蛾科Hepialidae sp.昆虫，其中野生冬虫夏草-8为人支蝠蛾（Thitarodes renzhiensis），野生冬虫夏草-12为贡嘎蝠蛾（Thitarodes gonggaensis），冬虫夏草人工繁育品及野生冬虫夏草的ITS序列与GenBank数据库比对后，相似度达99%以上，比对结果显示20批冬虫夏草人工繁育品和26批野生冬虫夏草的虫菌均为冬虫夏草菌（Ophiocordyceps sinensis）。Ophiocordyceps sinensis和Cordyceps sinensis为同物异名。结论：20批冬虫夏草人工繁育品的虫体及虫菌来源与26批野生冬虫夏草的虫体及虫菌来源均符合《中华人民共和国药典》2015年版中的描述：冬虫夏草为麦角菌科真菌冬虫夏草菌Cordyceps sinensis（Berk.）Sacc.寄生在蝙蝠蛾科昆虫幼虫上的子座和幼虫尸体的干燥复合体。